大家都知道，在注銷稅務登記中，賬面留有庫存是很敏感的問題，對注銷企業的存貨如何進行稅務處理，各地的處置辦法不盡相同，目前，主要有以下幾種觀點：一是做進項稅額轉出，調整應納稅額；二是視同銷售，就整個存貨的留抵稅額補稅；三是分別情況做處理；經過查閱關于企業在注銷中存貨的計稅處理，總局沒有太明確的規定，廣東中山國稅發【2009】111號文中，明確了幾種情況：納稅人因注銷稅務登記存貨以及屬于動產貨物的固定資產（以下簡稱“固定資產”）增值稅處理問題明確如下：
    一、納稅人發生解散、破產、撤銷以及其他情形，已不再持續經營，依法終止納稅義務的，在向國稅機關申報辦理注銷稅務登記之前，在進行清算時，應對其未處置的期末存貨以及固定資產應視不同的情況進行增值稅的稅務處理：
（一）納稅人將期末存貨和固定資產對外銷售的，應按規定計算繳納增值稅。
（二）納稅人將期末存貨和固定資產用于抵償債務的，屬于有償轉讓貨物的所有權，應按規定計算繳納增值稅。
（三）納稅人發生視同銷售貨物行為的，應按規定計算繳納增值稅。
（四）一般納稅人已申報抵扣稅款的存貨和固定資產發生《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十四條列舉的非正常損失情形的，已抵扣的稅款應作進項稅額轉出處理。
　　二、納稅人在注銷稅務登記時，仍有未處置的存貨和固定資產的，應按照根據合理方法確定的可變現價值（如有資質的中介機構出具評估報告確認的價值等）計算繳納增值稅。
三、各分局在受理納稅人注銷稅務登記申請后，應對其期末存貨和固定資產的增值稅稅務處理情況進行跟蹤。
     另有觀點表明應分別一般納稅人，小規模納稅人的不同情況來分別對待：一般納稅人企業申請注銷稅務登記時，如果企業銷項稅金大于進項稅金，并且按注銷企業的有關政策規定交納增值稅后，企業還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。這不僅符合增值稅的立法原則，而且也能避免稅收流失，同時也可防止企業利用高存貨增大抵扣稅金偷逃稅款。
    一般納稅人企業依法注銷同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應注意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉出，補繳稅金。
　由于小規模納稅人企業在政策上的特殊性，因此小規模納稅人企業購進貨物無論是否取得增值稅專用發票，其支付的增值稅額均不得進入進項稅額，不得由銷項稅額抵扣，而應計入購貨成本。因此，經核實其存貨屬正常范圍的（即平時稅負正常，存貨帳實相符，無虛假），不應作進項稅轉出或計提銷項稅等征稅處理。小規模納稅人企業注銷時，其存貨不作納稅調整。當然，在企業已經注銷完稅務登記后，留下的存貨又進行了變賣處置，雖然企業已經退出了正常的經營活動，但是，也應按照規定，到稅務機關繳納相應的稅款。